深海嗜耐压菌群落结构与耐压新种的环境适应机制

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目录

第1章绪论

1.1 课题来源及研究背景

1.1.1 课题来源

1.1.2 研究背景

1.2 深渊微生物多样性的研究进展

1.3 极端微生物多样性的研究进展

1.4 嗜压细菌的研究进展

1.5 多样性分析方法研究进展

1.5.1基于纯培养的传统分析方法

1.5.2基于分子生物学技术的传统分析方法

1.5.3基于高通量测序的微生物多样性分析方法

1.6细菌多相分类学研究进展

1.6.1传统分类学研究

1.6.2 基因型分类学研究

1.7 微生物对压力的适应机制研究进展

1.7.1核酸

1.7.2 脂类

1.7.3 蛋白质

1.7.4 鞭毛系统

1.7.5 与压力相关的基因

1.8 本文的研究目的和意义

1.9 本文的主要研究内容

第2章实验材料与方法

2.1 实验材料

2.1.1 样品来源

2.1.2 培养基

2.1.3试剂

2.1.4 仪器

2.2 实验方法

2.2.1 高压富集培养和分离纯菌

2.2.2 高通量测序

2.2.3 荧光定量 PCR

2.2.4 细菌群落多样性分析

2.2.5 新种多相分类学鉴定

2.2.6 基因组分析

2.2.7 转录组分析

第3章雅浦海沟耐嗜压微生物群落结构特征的研究

3.1 引言

3.2 耐嗜压微生物群落结构特征分析

3.2.1 α和 β多样性分析

3.2.2 细菌群落的组成分析

3.2.3 定量分析

3.2.4关键物种分析

3.2.5网络拓扑结构分析

3.3 微生物群落结构的比较分析

3.3.1 不同培养条件的耐嗜压微生物群落结构的差异

3.3.2 关键物种在群落结构中的关键作用

3.3.3 深渊和超深渊耐嗜压微生物群落结构的比较分析

3.3.4 不同海沟耐嗜压微生物群落特征的差异

3.4 本章小结

第4章深海可培养耐压细菌的分离鉴定

4.1 引言

4.2深海耐压细菌的分离鉴定

4.2.1雅浦海沟可培养耐压细菌的分离

4.2.2 西南印度洋可培养耐压细菌的分离

4.3海洋芽孢杆菌（Oceanobacillus piezotolerans）YLB-02T 多相分类研究

4.3.1 YLB-02T的 16S rRNA基因分析及系统发育树的构建

4.3.2 YLB-02T的生理生化分析

4.3.3 YLB-02T的化学成分分析

4.3.4 YLB-02T的分子生物学分析

4.3.5 YLB-02T的新种描述

4.4 赖氨酸芽孢杆菌（Lysinibacillus yapensis）YLB-03T 多相分类研究

4.4.1 YLB-03T的 16S rRNA基因分析及系统发育树的构建

4.4.2 YLB-03T的生理生化分析

4.4.3 YLB-03T的化学成分分析

4.4.4 YLB-03T的分子生物学分析

4.4.5 YLB-03T的新种描述

4.5芽孢杆菌（Bacillus piezotolerans）YLB-04 T多相分类研究

4.5.1 YLB-04T的 16S rRNA基因分析及系统发育树的构建

4.5.2 YLB-04T的生理生化分析

4.5.3 YLB-04T的化学成分分析

4.5.4 YLB-04T的分子生物学分析

4.5.5 YLB-04T的新种描述

4.6 海洋单胞菌属(Marinomonas piezotolerans)YLB-05 T多相分类研究

4.6.1 YLB-05T16S rRNA基因分析及系统发育树的构建

4.6.2 YLB-05T生理生化分析

4.6.3 YLB-05T化学成分分析

4.6.4 YLB-05T分子生物学分析

4.6.5 YLB-05T新种描述

4.7 四株嗜冷耐压希瓦氏菌的多相分类研究

4.7.1 16S rRNA基因分析及系统发育树的构建

4.7.2 生理生化分析

4.7.3 化学成分分析

4.7.4 分子生物学分析

4.7.5 新种描述

4.8 本章小结

第5章耐压希瓦氏菌YLB-06T的环境适应机制

5.1 引言

5.2 嗜冷耐压希瓦氏菌（Shewanella psychropiezotolerans）YLB-06T基因组描述

5.2.1 基因组基本特征

5.2.2 基因组功能分析

5.3 希瓦氏菌从浅海到深渊的演化过程

5.3.1海洋希瓦氏菌的基因组变化与水深有关

5.3.2 希瓦氏菌从上层海洋到深渊带的演化历史

5.4 转录组分析

5.4.1菌株YLB-06低温高压高表达基因分析

5.4.2 菌株 YLB-06 在进化中获得的基因在低温高压下表达的转录分析

5.5与压力适应机制相关的分析

5.6 本章小结

结论

参考文献

附录

攻读博士学位期间发表的论文及其它成果

声明

致谢

个人简历

网址：深海嗜耐压菌群落结构与耐压新种的环境适应机制 https://www.yuejiaxmz.com/news/view/1067049

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